Με 102 συμμετοχές στην εθνική ομάδα, ο Κουντέ αγωνίστηκε σε δύο Παγκόσμια Κύπελλα, το 1982 στην Ισπανία και το 1990 στην Ιταλία, όπου το Καμερούν έγινε η πρώτη ομάδα της “μαύρης ηπείρου” που έφτασε ως τους “8” ενός Μουντιάλ. Σκόραρε μάλιστα με πέναλτι το πρώτο γκολ της ομάδας του στον προημιτελικό με την Αγγλία, η οποία έμελλε να σταματήσει τη φρενήρη πορεία των “αδάμαστων λιονταριών”, επικρατώντας με 3-2 στην παράταση.
Ένα άλλο δικό του πέναλτι χάρισε στο Καμερούν τον τίτλο στο Κύπελλο Εθνών Αφρικής του 1988, διαμορφώνοντας το τελικό 1-0 στον τελικό με τη Νιγηρία. Αν και αγωνιζόταν ως αμυντικός, ο Κουντέ σημείωσε 17 γκολ με την εθνική ομάδα της χώρας του, με την οποία κατέκτησε επίσης το Κόπα Αφρικα του 1984, ενώ ήταν φιναλίστ το 1986.
